Prag feierte die Rückkehr des Königs im Mai 1283 begeistert, selbständig regieren konnte der knapp Zwölfjährige noch nicht. Die adlige Gruppe, die sich für seine Freilassung eingesetzt hatte, teilte die höchsten Hofämter untereinander auf. Hofmeister und damit Erzieher und Vertreter des Königs wurde ihr Anführer Purkart von Janowitz. Die Konstellation hatte nur wenige Monate Bestand. Noch im Verlauf des Jahres 1283 rief Wenzel seine Mutter Kunigunde nach Prag zurück, und mit ihr kam Zawisch von Falkenstein an den Hof. Die Karriere des Burggrafen aus dem einflussreichen südböhmischen Geschlecht der Witigonen hatte zum damaligen Zeitpunkt bereits einige außergewöhnliche Wendungen durchlaufen: 1276 hatte er eine Rebellion gegen Přemysl Ottokar II. angeführt. 1280 trat er in Oppeln in den Dienst der Königinwitwe und beteiligte sich am Widerstand gegen die brandenburgische Regentschaft. Nach Prag kam er 1283 als Kunigundes Ehemann und Vater ihres jüngsten Sohnes Jan. Die ungleiche Ehe, noch dazu heimlich, ohne Wissen der Familien eingegangen, war ein Skandal, doch da vollzogen, war sie nach damaligem Recht gültig. Der junge König akzeptierte die Verbindung, und Kunigunde überließ Zawisch Wenzels Erziehung. Der Wittigone war damit faktisch zum Herrscher des Landes aufgestiegen. Er übernahm selbst kein Amt, doch noch im Winter 1283/1284 besetzte er alle wichtigen Hofposten mit seinen Verwandten und Parteigängern. Die entmachtete Adelsgruppe ging zum bewaffneten Widerstand über, musste aber im Mai 1284 einen vierjährigen Waffenstillstand akzeptieren. Die offizielle Eheschließung holten Zawisch und Kunigunde zu einem nicht näher bekannten Zeitpunkt zwischen 1283 und 1285 nach.
Auch wenn die Macht Zawischs in Böhmen unangreifbar schien, für den Hof des römisch-deutschen Königs blieb der Aufsteiger inakzeptabel. Dies zeigte sich deutlich in Verlauf von Wenzels eigener Eheschließung mit Guta von Habsburg. Die beiden wurden bereits 1278/1279 verlobt, möglicherweise auch schon verheiratet. Vollzogen werden konnte die Ehe aber erst im Januar 1285 bei einem Treffen der Familien in Eger, als Braut und Bräutigam 13 Jahre und damit so gut wie volljährig waren. Wenzel leistete bei der Gelegenheit dem Schwiegervater auch den Lehnseid für seine Erbländer. Zawisch war bei der Zeremonie nicht anwesend, und als Rudolf I. Eger verließ, nahm er seine Tochter wieder mit. Erst im Sommer 1287 gab der Habsburger dem Drängen der böhmischen Seite nach und die Königin zog mit ihrem Gefolge auf dem Prager Hof ein. Ein Jahr später nahm Wenzel II. die Regierungsgeschäfte in eigene Hand. Eine seiner ersten selbständigen Amtshandlungen war im Jahr 1288 eine Verschwörung gegen seinen Stiefvater, der gerade, drei Jahre nach Kunigundes Tod, eine neue Ehe eingegangen war und dessen freiwilliger Verzicht auf die Macht im Land nicht zu erwarten war. Wenzel ließ Zawisch unter einem Vorwand in die Burg rufen und nahm ihn gefangen. Nach zweijähriger Kerkerhaft starb Zawisch von Falkenstein 1290 vor der Burg Hluboká durch das Schwert. Der tiefgläubige König soll schwer an seiner Entscheidung getragen haben. Das Zisterzienserkloster Zbraslav gründete er nach Aussage zeitgenössischer Quellen als Sühne für seinen Verrat.