Tiene un importante papel en la guerra contra los helvecios y en las operaciones en la Galia, llegando a ser el segundo en el mando tras el propio César al estallar la revuelta gala del año 53 a.c. Dirige la defensa contra los belgas en el Sena, al mando de cuatro legiones. Les derrota e impide que se unan a los galos que se enfrentaron con César en Gergovia, impidiendo que su derrota se convirtiera en desastre.
En el triunfo de Alesia, Labieno comandó la caballería que, en una brillante maniobra, flanqueó al ejército galo y en gran parte decidió la victoria. Después del triunfo romano, Labieno y César se distancian, afirmando la historia que por celos del segundo, que reclamaría más reconocimiento, aunque hemos de tener en cuenta que buena parte de la historia la han escrito los 'cesaristas'. Cuando Pompeyo y César se enfrentan, Labieno queda entre dos bandos, pero se va decantando por los pompeyanos. Cuando César cruza el Rubicón, Labieno se decanta públicamente por Pompeyo. César, que le había defendido ante los informes que le señalaban como desafecto, se sorprende, pero le envía sus pertenencias, que estaban junto al ejército. Fue el único oficial de César que no le secundó.
Los pompeyanos le recibieron alborozados, declarando que el mérito del triunfo en las Galias no era de César, sino suyo. En la guerra civil fue el mejor general pompeyano, ensañándose en ocasiones con los cesaristas y tuvo que lidiar, además, con la incompetencia de otros oficiales celosos de su preeminencia que pretendían también indisponerle con Pompeyo. Uno de ellos, por cierto, se llamaba Léntulo Sphinter (léase con la pronunciación castellana actual).