Labienus’ deltagelse i borgerkrigen kan deles opp i
fire faser. Den første fasen, som begynte
med Labienus’ desersjon fra Caesar, varte frem til
våren 49 f.Kr. I denne perioden har vi, via
Ciceros brev, en detaljert og hyppig kommentering a
v Labienus’ status, helt fra ryktene om
desersjonen kom til de ble bekreftet. Cicero kommen
terer den umiddelbare innvirkningen
dette hadde på Pompeius og optimatene. Den andre fa
sen preges av at Labienus aldri kom til
sin rett i Pompeius’ hær. Han fikk liten tillit og
innflytelse hos optimatene, og han hadde
utydelige roller i slagene. Det er verdt å merke se
g at den beste kilden vi har til denne
perioden er Caesars egne kommentarer. Han var ikke
lenger opptatt av Labienus’ gode sider,
men fortsatt interessert i hva Labienus foretok seg
og hvordan han selv kunne utnytte
Labienus til å fremme sin egen sak. Denne perioden
endte med optimatenes katastrofale tap i
slaget ved Pharsalus, og Pompeius’ påfølgende død i
Egypt. Den tredje fasen begynte etter at
Labienus sammen med de to ledende optimatene Cato o
g Scipio flyttet krigshandlingene over
middelhavet til det nordlige Afrika og provinsen Af
rica (moderne Tunisisa). I Africa vendte
offiseren og taktikeren Labienus tilbake, slik som
vi kjente ham fra Gallia. Den fjerde fasen
av borgerkrigen begynte etter optimatene led et sto
rt nederlag i Africa og flyktet til Hispania
Ulterior. Borgerkrigens siste store slag ble utkjem
pet på slettene utenfor Munda i Hispania
Ulterior og der endte historien om Labienus.