Po vypuknutí občanské války Labienus preferoval postavit se Caesarovi v Itálii a poukazoval na slabost a špatnou morálku Caesarových vojsk. Pompeius však nakonec vytrval ve svém původním plánu a během Caesarova bleskového tažení Itálií se z tohoto poloostrova stáhl. Na Labienovo odhodlání v boji proti bývalému veliteli poukazují historky z bojů v Řecku, kdy se údajně opakovaně zapřísahal, že vytrvá v boji proti Caesarovi až do samého konce. U řeky Apsus prý prohlásil, že pro něj neexistuje žádný mír, leda za Caesarovu hlavu. Po bitvě u Dyrrhachia údajně nechal Labienus povraždit zajaté Caesarovy vojáky. Těžko říci, co si sám Pompeius myslel o Labienových charakterových vlastnostech, ale o jeho vojevůdcovských schopnostech měl vysoké mínění a v bitvě u Farsálu mu svěřil velení nad celým jezdectvem, které bylo umístěno na takticky nejdůležitějším levém křídle.
Po nešťastné bitvě u Farsálu uprchl Labienus i se svými galskými a germánskými jezdci, kteří přežili boje, do Dyrrhachia, kde chytře zažehnal nastalou paniku lživou zprávou, že Caesar utrpěl vážná zranění. Následně svěřil v Korkýře své síly pod vrchní velení Catona. Po dalších peripetiích se nakonec přeplavili do Afriky, kde spojili svá vojska se Scipionem, Varem a Iubou.
V následujícím období se Labienus zabýval vytvářením a výcvikem velmi silné jízdy, která byla vhodná pro boj v rovinatých afrických terénech. A nutno dodat, že při následných bojích dělala Labienova taktika založená právě na používání lehké jízdy a pěchoty Caesarovi velké problémy. V prosinci roku 47 př. n. l. se Caesar vylodil v Hadrumentu a postupně začal budovat své pozice.