Roku 51 př. n. l. se Labienus účastnil společně s Caesarem drancování území Eburonů a následně byl poslán se dvěma legiemi proti Treverům, které dokázal porazit v jízdní bitvě a mnoho jich pobít. A právě Labienovi pak Caesar svěřil roku 50 př. n. l. správu podmaněné Galie. V této době se však také začalo proslýchat, že Caesarovi nepřátelé vyjednávají s Labienem o jeho přechodu na druhou stranu. Sám Caesar však v Labienovu zradu nevěřil, přestože učinil jistá opatření pro případ, že by jeho legát skutečně desertoval. O to horší bylo překvapení, když se Labienus skutečně přidal k Caesarovým nepřátelům. Je nesporné, že pro Caesarovu stranu to byla obrovská rána. Odpadl její nejlepší muž, kterému sám Caesar dosud nejvíce důvěřoval, nehledě na to, že Labienus měl rozsáhlé znalosti o rozmístění, charakteru a stavu Caesarova vojska a sám byl velice schopným a zkušeným vojevůdcem. Jaké byly vlastně důvody Labienova přechodu na druhou stranu? Tato otázka vyvolala rozsáhlou debatu mezi badateli. Cassius Dio píše, že po nabytí značného majetku a slávy během tažení v Galii Labienus zpychl a začal se chovat příliš nadutě, následkem čehož ztratil Caesarovu přízeň, a tato změna přiměla legáta ke změně loajality. A zřejmě má do jisté míry pravdu, ačkoliv důvody byly jistě o něco složitější. Labienův charakter nebyl nijak vytříbený. O značném majetkovém zisku píše kromě Cassia Diona i Cicero. Vzhledem ke svým úspěchům v Galii se jistě mohl považovat za vojevůdce rovnocenného Caesarovi a skutečnost, že zásluhy za galská vítězství padaly téměř výhradně na osobu Caesarovu, v něm jistě vyvolávala hořkost. Labienus se také mohl cítit nedoceňovaný. Ačkoliv mu Caesar svěřoval náročné úkoly a ve svém velení si mohl počínat značně nezávisle, stále byl jen jeho podřízený. Caesar nedával svým legátům příliš možností ucházet se o další úřady v Římě a dále tak rozvinout svou kariéru, přestože je tu možnost, že roku 50 př. n. l. usiloval Labienus o konzulát a Caesar ho v této snaze podpořil. Tato teorie se však zakládá pouze na jedné variantě četby značně nejednoznačné pasáže v Hirtiově knize. Na konci padesátých let př. n. l. se navíc stále více a více do popředí Caesarovy přízně dostával mladý patricij Marcus Antonius, což mohl Labienus pociťovat jako křivdu a ohrožení svého vlastního výsadního postavení. A jistou roli při jeho uvažování o přeběhnutí mohly hrát i tradiční vazby Labienovy a oblasti, odkud pocházel, na Pompeia. Ať už byly hlavní důvody Labienova odpadnutí jakékoliv, zdá se, že byly motivovány spíše touhou zbavit se Caesara než sympatiemi k jeho odpůrcům. Z bývalého Caesarova legáta se stal jeho zarytým a nenávistným odpůrcem, na což poukazuje především jeho chování v Řecku (viz níže). Oproti tomu Caesar se zachoval se svojí typickou, navenek okázale projevovanou umírněností, laskavostí a ochotou odpouštět a poslal přeběhlíkovi zpět jeho peníze a zavazadla, která nestihl vzít při sběhnutí s sebou.