Cuando Labienus se pasa precipitadamente al bando pompeyano después del cruce del Rubicón, César se asombra públicamente, pero le envía sus pertenencias. Es realmente un misterio el motivo último que le llevó a esa decisión. ¿Acaso ser cliente de Pompeyo pudo más que la amistad de César? ¿Sufría de romanticismo republicano? ¿Se sentía despreciado? Según Dión Cassio, simplemente "Labieno, opulento y cubierto de gloria, empezaba a vivir con mucho más fasto que el que requería su rango. César, que le veía igualarse a él, no le testimonió ya el mismo afecto. Labieno no pudo hacerse a ese
cambio, temió caer en desgracia y se separó de él."
Su paso al bando pompeyano fue recibido por estos como un gran triunfo. Cicerón escribió en una carta "Labieno es un verdadero héroe, desde hace tiempo nada se ha hecho que sea más digno de un buen ciudadano. Este ejemplo tendrá, se dice, innumerables imitadores." Se equivocó a lo grande, ningún otro oficial de César se pasó a los pompeyanos.
En la guerra civil, Labieno fue el mejor general de los pompeyanos y su mejor baza para vencer a César después de la muerte de Pompeyo, pero nada pudo hacer después de Farsalia en Africa, junto a Escipión y Catón. Consiguió escapar y siguió peleando en Hispania, dirigiendo el ejército de los hijos de Pompeyo, Sexto y Cneo. En la batalla decisiva de Munda, el ala derecha de Cneo Pompeyo, bastante novato, sufrió el fuerte ataque de la caballería númida del rey Mogud, aliado de César. Labieno, viendo el peligro, fue personalmente con algunas cohortes a reforzar ese lado y parece ser que murió en el combate consiguiente, ya sea por heridas o por su propia mano para no dejarse coger. Tenía 56 años, los mismos que su viejo amigo César.
Poco antes de morir César dijo de él "Labieno fue el único amigo que me traicionó." No sabía lo que le esperaba, claro.
Galaicus