Sin embargo, de acuerdo con Dión Casio, las razones de Labieno para desertar no eran tan nobles. Había adquirido muchas riquezas y fama en la Galia. Creyó que debía ostentar un mando igual al de César. Sin embargo, César no le había dado ningún mando independiente ni ninguna perspectiva de consulado. Estaba resentido por la falta de reconocimiento y desarrolló un profundo odio hacia César.
Pompeyo hizo a Labieno comandante de su caballería. Éste intentó convencer a Pompeyo para que plantara cara a César en Italia y no se retirara a Hispania (Península Ibérica, comprendiendo las actuales España y Portugal) para reagruparse, alegando que el ejército de César estaba muy cansado después de su larga campaña en la Galia.
Pero su fortuna con Pompeyo fue la contraria a la que había tenido con César. Tras la derrota en la Batalla de Farsalia huyó a Córcega, y tras la muerte de Pompeyo, a la provincia de África. Logró insuflar algo de confianza en los seguidores republicanos mintiéndoles y diciéndoles que habían herido mortalmente a César en la Batalla de Farsalia. Ahí logró, gracias principalmente a la superioridad numérica, una ligera victoria sobre César en la Batalla de Ruspina, en el 46 a. C. Concentrando su fuerza en densas formaciones engañó a César haciéndole creer que tenía menos soldados. Fue capaz de infiltrarse entre la caballería de César, rodeando a su ejército. Tras la derrota en la Batalla de Tapso, en la que murieron Quinto Cecilio Metelo Escipión y Marco Porcio Catón, huyó a Hispania y se unió a Cneo Pompeyo el Joven