Pompeu fez de Labieno seu comandante de cavalaria. Labieno tentou convencer Pompeu a enfrentar César na Itália, e que não recuasse para a Hispânia (Península Ibérica) para reagrupar suas tropas, afirmando que o exército de César estaria enfraquecido depois das campanhas na Gália.19
Seu azar sob o comando de Pompeu, no entanto, foi tão acentuado quanto o seu sucesso sob César. Depois da derrota na batalha de Farsalo, Labieno fugiu para Córcira, e, após ouvir as notícias da morte de Pompeu, seguiu para a África, onde formou um exército. Conseguiu a confiança dos seguidores de Pompeu através de mentiras; contou-lhes, por exemplo, que César teria recebido um ferimento mortal durante a batalha.20 Foi capaz, apenas pela força numérica, de infligir um leve revés a César na batalha de Ruspina, em 46 a.C..21 Condensando suas forças em formações aglomeradas, fez César acreditar que só tinha apenas infantaria, e conseguiu assim bater a cavalaria de César e cercar seu exército. Após a batalha de Tapso juntou-se a Pompeu, o Jovem na Hispânia.
A morte chegou a Labieno durante a batalha de Munda, um conflito disputado de maneira igualmente feroz entre os exércitos de César e os filhos de Pompeu. O rei Bogud, aliado de César, aproximou-se dos aliados de pompeu pela retaguarda. Labieno, que comandava a unidade de cavalaria pompeiana e viu o ocorrido, removeu a cavalaria da linha de frente e levou-a em sua direção. As legiões pompeianas interpretaram isto como um recuo, perderam o ímpeto e logo foram debandadas.22 Pompeu, o Jovem sofreu ferimentos graves durante o confronto, e Labieno morreu. Esta derrota pôs fim à guerra civil romana. Foi enterrado porém, de acordo com Apiano,23 sua cabeça foi cortada e levada a César.