Labieno murió en la Batalla de Munda. Durante éste enfrentamiento entre los ejércitos de César y los hijos de Pompeyo, el Rey Bogud, un aliado de César, y su ejército se estaban aproximando a los pompeyanos por la retaguardia. Labieno estaba al frente de una unidad de caballería en ese momento y reorganizó filas para contenerles pero el resto del ejército pompeyano malinterpretó esto como una retirada y rompieron filas, lo que aprovecharon las tropas cesarianas para infligirles bajas masivas durante la retirada. Esta derrota finalizó la Guerra Civil. Al parecer, Labieno fue abatido durante la retirada, y se le hicieron las correspondientes exequias fúnebres, pero de acuerdo con Apiano, su cabeza se llevó ante César.
Tuvo un hijo llamado Quinto Labieno.