Pero su fortuna con Pompeyo fue la contraria a la que había tenido con César. Tras la derrota en la Batalla de Farsalia huyó a Córcega, y tras la muerte de Pompeyo, a la provincia de África. Logró insuflar algo de confianza en los seguidores republicanos mintiéndoles y diciéndoles que habían herido mortalmente a César en la Batalla de Farsalia. Ahí logró, gracias principalmente a la superioridad numérica, una ligera victoria sobre César en la Batalla de Ruspina, en el 46 a. C. Concentrando su fuerza en densas formaciones engañó a César haciéndole creer que tenía menos soldados. Fue capaz de infiltrarse entre la caballería de César, rodeando a su ejército. Tras la derrota en la Batalla de Tapso, en la que murieron Quinto Cecilio Metelo Escipión y Marco Porcio Catón, huyó a Hispania y se unió a Cneo Pompeyo el Joven
Labieno murió en la Batalla de Munda. Durante éste enfrentamiento entre los ejércitos de César y los hijos de Pompeyo, el Rey Bogud, un aliado de César, y su ejército se estaban aproximando a los pompeyanos por la retaguardia. Labieno estaba al frente de una unidad de caballería en ese momento y reorganizó filas para contenerles pero el resto del ejército pompeyano malinterpretó esto como una retirada y rompieron filas, lo que aprovecharon las tropas cesarianas para inflingirles bajas masivas durante la retirada. Esta derrota finalizó la Guerra Civil. Al parecer, Labieno fue abatido durante la retirada, y se le hicieron las correspondientes exequias fúnebres, pero de acuerdo con Apiano, su cabeza se llevó ante César.