V roce 1277 přijala do kláštera svou praneteř, Přemyslovu dceru Kunhutu. Ačkoliv byl Přemysl v církevní klatbě, během jeho válečného tažení před bitvou na Moravském poli se za něj v jejím klášteře konaly modlitby. Klášterní kostel Nejsvětějšího Salvátora byl zvolen za rodovou nekropoli Přemyslovců a Anežka si v něm dala zřídit soukromou ložnici a oratoř, kde mohla být nepozorována přítomna každé bohoslužbě a modlit se tam také o samotě. Dále vybavila klášter a kostel drahocennými preciosy a paramenty; také ovlivňovala činnost skriptoria v sousedním klášteře cyriaků u kostela sv. Kříže většího na Novém Městě. Byla průkopnicí v organizování chudinské a nemocniční péče na české půdě.