Изабела Бургундска или Агнес (на немски: Isabella von Burgund, също Agnes или Elisabeth, * ок. 1270, † август 1323 в Шамбли) от Старата Бургундска династия, странична линия на Капетингите, е като втората съпруга на римско-немския крал Рудолф I Хабсбургски немска кралица от 1284 до 1291 г.
Тя е дъщеря от десетте деца на херцог Хуго IV от Бургундия (1213-1272) и неговата втора съпруга Беатриса от Шампан, принцеса от Навара (1242-1295).
Изабела е сгодена в годината на смъртта на баща ѝ 1272 г. като малко дете с Карл от Фландрия (1266-1277), син на Роберт III от Фландрия, граф на Неверс и първата му съпруга Бианка от Анжу; Карл умира на 11 години. На 6 февруари 1284 г. 14-годишната е омъжена за по-стария с 50 години немски крал Рудолф I (1218-1291). Той ѝ преписва 20 000 сребърни марки и други 3 000 марки. Той издига нейния брат, херцог Роберт II от Бургундия (* 1248; † 1306), на регент на Дофине, за да стабилизира влиянието си в Арелат.
Тя придружава съпруга си в неговите пътувания и при последното му пътуване до Шпайер през 1291 г. Понеже неговият последник не ѝ дава парите тя живее скромно в Базел и след продажбата на нейните собствености се връща обратно в Бургундия, където се омъжва за втори път през 1306 г. за Пиер IX от Шамбли (Млади), сеньор на Нофл († ок. 1319), на когото ражда два сина.